北京大学环境工程研究所于一九九五年六月经学校批准成立。作为北大发展工程科学的试点，北京大学环境工程研究所借助环境科学与工程学科整合的优势，经过数年不懈的努力已经拥有环境工程博士点和硕士点，大大促进了北京大学环境工程学科的建设。北京大学环境工程研究所现有占编教师和其它全时工作人员二十余名。迄今为止，已经和正在培养的博士后、博士生和硕士生达200余名。

　　北京大学环境工程研究所是一个以理工结合为特色的教学和科研机构。近年来，充分发挥北京大学学科综合的优势，取得了不俗的业绩。利用环境科学和治河工程学科交叉的优势，早期承担了治理深圳河工程环境评估、监察与审核、底泥监测与污染控制以及环境综合规划等一系列具有重要影响的科学咨询工作，完成200余项环境评估、环境工程咨询和治理项目，为区域环境保护做出了贡献。主持完成了国家自然科学基金重大项目“江河泥沙灾害形成机理及其防治研究”、欧盟科技合作项目“可持续的区域水资源利用模式和环境管理战略研究”、中国―加拿大(CIDA)合作项目“防洪、生态保护和可持续发展研究”。获得国家优秀中青年专项基金、国家杰出青年基金、国家教委霍英东基金、国家自然科学基金重点项目、中国-日本NSFC-JST重大国际合作研究项目、国家科技支撑课题、国家重点基础研究计划课题、国家教委重点基金、国家水体污染控制与治理科技重大专项项目等30多项重要的科研项目。近年来，发表学术论文200余篇，出版专著5部。有关成果获得了1项国家科技进步二等奖，2项教育部科技进步一等奖，还获得中国青年科技奖和首届全国优秀博士后奖，以及十余项其他奖励。2000年，环境工程研究所与兄弟院校联合申请并获得了具有环境与工程学科交叉特点的“水沙科学教育部重点实验室”；2001年，与现环境科学系一道成功申请了环境科学重点学科；2002年，初步建成了环境工程实验室；2004年，启动了深圳环境工程学科平台建设并开始推进产学研结合的发展模式。北京大学环境工程研究所致力于推动理工结合的交叉学科的发展，同时还是国家级学报《应用基础与工程科学学报》的依托单位。

　　北京大学环境工程学科建设的步伐正在加快。实验室的先进仪器设备，如：液相色谱质谱联用仪、气相色谱质谱联用仪、电感耦合等离子质谱仪、电感耦合等离子体发射光谱仪、制备液相色谱仪、液相色谱分析仪、气相色谱仪、石英晶体微量天平、离子色谱、总有机碳分析仪、傅里叶红外光谱、原子荧光光度计、分子荧光分光光度计、电位滴定仪、微生物发酵培养系统、PCR-DGGE、Real-time PCR、热丝CVD化学气相沉积系统、流动注射分析仪等，为教学和科研工作的开展提供了基础。在深圳研究生院建成了特种废水实验室、深圳市重金属污染控制与资源化重点实验室。与此同时，北京大学环境工程学科在国际合作和国内学术活动中非常活跃。近年来，结合研究所主持的欧盟科技合作项目、加拿大CADA合作项目等，与德国、英国、加拿大、美国、韩国、日本的著名科研机构建立了很好的实质性合作关系；研究所成员成功地组织了国际和国内若干重要的学术会议并多次作为特邀报告人，担任国际水沙科学协会(IASWS)常务理事、东北亚文化环境理事会理事、全国政协人口环境资源委员会委员、中国社会经济理事会理事、中华环保联合会理事、中国地理学会理事、中国自然资源学会理事、特邀国家土地监察专员，《科学通报》等国内外十余个学术杂志的编委、《应用基础与工程科学学报》主编等，在促进学术交流和为社会服务方面做出了应有的贡献。

　　由于交叉科学的吸引力，环境工程研究所每年招收的研究生皆为全国著名高校的优秀学生，且多数为免试推荐研究生，理科与工科的学生比例大致相当，对跨学科研究起到了显著的促进作用。目前，环境工程研究所在水处理、环境微生物、环保材料、固体废物处理处置、水资源管理、水沙环境、河流生态恢复、风沙工程等领域开展了大量的研究工作，有些专利成果已在一些重要的示范工程中得到成功的应用。